اعتمد قطاع المعاهد الازهرية نظام البكالوريا في الأزهر الشريف، وذلك على النحو الآتى:
أولاً: الصف الأول الثانوى
المواد الشرعية
1. القرآن الكريم
2. التوحيد والمنطق القديم
3. التفسير وعلوم القرآن
4. الحديث وعلومه
5. الفقه
6. الثقافة الإسلامية (للفصل الدراسي الأول فقط)
المواد العربية
7. النحو
8. الصرف
9. البلاغة
10. الأدب وفنون الكتابة
المواد الثقافية
11. العلوم المتكاملة
12. التاريخ المصري
13. الرياضيات
14. الفلسفة والمنطق
15. اللغة الأجنبية الأولى
مواد لا تُضاف للمجموع
16. البرمجة والذكاء الاصطناعي
17. اللغة الأجنبية الثانية (للفصل الدراسي الثاني فقط)
إجمالي المواد: (15) مادة مضافة للمجموع + مادتين لا تُضافان للمجموع + مادة المستوى الرفيع (خاص بالمعاهد النموذجية).
ثانياً: الصف الثاني الثانوى
1. المواد الأساسية (المقررة على جميع الشعب)
المواد الشرعية: القرآن الكريم، التوحيد، التفسير، الحديث، الفقه.
المواد العربية: النحو، الصرف، البلاغة، الأدب وفنون الكتابة.
إضافة خاصة بشعبة الآداب وإدارة الأعمال فقط: (المنطق القديم + العروض).
2. مواد التخصص وفق التشعيب
شعبة الطب:
10. اللغة الأجنبية الأولى
11. التاريخ
12. الرياضيات أو الفيزياء
شعبة الهندسة:
10. اللغة الأجنبية الأولى
11. التاريخ
12. الكيمياء أو البرمجة والذكاء الاصطناعي
شعبة الآداب وإدارة الأعمال:
10. اللغة الأجنبية الأولى
11. التاريخ
12. المحاسبة أو إدارة الأعمال
13. علم النفس أو اللغة الأجنبية الثانية
إجمالي المواد: (12) مادة لجميع الشعب، عدا شعبة الآداب وإدارة الأعمال تكون (15) مادة.
ثالثاً: الصف الثالث الثانوى
1. المواد الأساسية (المقررة على جميع الشعب)
المواد الشرعية: القرآن الكريم، التوحيد، التفسير، الحديث، الفقه.
المواد العربية: النحو، الصرف، البلاغة، الأدب وفنون الكتابة.
2. المواد الثقافية والتخصصية
شعبة الطب:
10. الأحياء
11. الكيمياء
شعبة الهندسة:
10. الرياضيات
11. الفيزياء
شعبة الآداب وإدارة الأعمال:
10. الاقتصاد
11. الرياضيات
12. الجغرافيا
13. الإحصاء
إجمالي المواد: (11) مادة لجميع الشعب، عدا شعبة الآداب وإدارة الأعمال تكون (13) مادة.